L'histoire de la linguistique à l'Université de Berne commence en 1861. Cette année-là, vingt-sept ans après la fondation de l'Université, une demande est déposée pour la création d'une chaire extraordinaire en linguistique générale et en langues romanes à Berne. Cette demande est d'abord rejetée par la direction de l'université, mais peu après, cette décision est heureusement révisée et Ludwig Tobler est nommé professeur privé de linguistique générale et allemande en 1863. En 1866, le dialectologue et philosophe du langage Tobler est nommé professeur agrégé de linguistique générale et de philologie germanique à Berne. Il occupe cette chaire jusqu'en 1873, après quoi il rejoint l'Université de Zurich.
En 1881, Eduard Müller-Hess, né à Berlin, devient professeur privé de sanskrit et de linguistique comparative après un séjour de recherche à Ceylan. Deux ans plus tard, il part pour le Pays de Galles, mais revient à Berne en 1887 comme professeur privé de sanskrit, de linguistique et de philologie anglaise. En 1888, il devient professeur agrégé de langues « orientales » et de philologie anglaise. En 1897 Eduard Müller-Hess est nommé professeur titulaire et en 1915 recteur de l'Université de Berne. Il prend sa retraite en 1923.
Albert Debrunner, originaire de Bâle, devient professeur titulaire à Berne en 1920. En 1925, Debrunner accepte un appel à Jena et son étudiant Walter Porzig est nommé professeur à Berne à sa place. Cependant, Porzig est licencié en 1935 pour activités nationales-socialistes. Dans un échange inhabituel de postes de professeur, Porzig est expulsé en Allemagne tandis que son ancien professeur Debrunner revient à Berne, où jusqu'à sa retraite en 1954, il reste professeur titulaires de linguistique indo-germaniste et de philologie classique. Avec plus de 600 titres publiés, il est considéré comme l'un des indo-germanistes les plus productifs du 20ème siècle, et son travail sur le grec hellénistique en particulier sert aujourd'hui encore d'ouvrage de référence.
L'Institut actuel de linguistique peut être considéré comme étant né en 1961, lorsque les domaines de la philologie classique et de la linguistique ont connus une évolution séparée et qu'un séminaire indépendant pour la linguistique a été fondé par Georges Redard. En 1969, lorsque l'école de langues audiovisuelles y a été rattachée, le séminaire a été officiellement rebaptisé en tant qu'institut.
Lorsque Redard prend sa retraite en 1989, Roland Bielmeier, originaire de Munich, lui succède en tant que professeur titulaire de linguistique historique-comparative. Roland Bielmeier a étudié la linguistique à Munich, Bochum et Tbilissi, avec une spécialisation en langues caucasiennes et « orientales». Il a ensuite écrit son habilitation sur des dialectes tibétains à Bonn. Il continue à déveloper son intérêt pour la langue tibétaine et géorgienne à Berne, où d'importants projets de recherche sont réalisés dans ces domaines, tels que „Historisch-vergleichender Wortschatz tibetischer Dialekte", „Grundlagen einer historischen Grammatik des Tibetischen", „Deutsch Georgisches Wörterbuch“ et „Griechischer Lehnwortschatz im Georgischen“. Roland Bielmeier est émérité en 2008 avant de décéder en 2013.
En automne 1988, lwar Werlen est nommé professeur agrégé de linguistique générale et devient co-directeur de l'Institut de linguistique, un poste qui été nouvellement créé. En 1992, il est promu professeur titulaire. Le Valaisan a commencé sa carrière académique à Berne en 1971 en tant qu'étudiant et a ensuite grimpé les échelons en devenant assistant puis professeur titulaire. De début mars 1996 à fin juillet 1997, lwar Werlen est doyen de la Faculté de philosophie et d'histoire. Outre la dialectologie, ses domaines de recherche les plus importants sont le multilinguisme, l'onomastique et les langues philippines. Il a dirigé des dizaines de projets du Fonds national suisse (FNS) et d'autres bailleurs de fonds. Il a également été coordinateur du Réseau Européen d'Exellence LINEE et a contribué au développement du "Dialäkt Äpp" (app de dialecte). lwar Werlen a été émérité en 2012, mais s'est encore impliqué dans les projets du FNS en cours jusqu'à leur aboutissement. Il a également terminé son dernier projet personnel du FNS intitulé „Formulierung, Inszenierung, Instrumentalisierung der deutsch-französischen Sprachgrenze im touristischen Kontext".
En 2010, Georges van Driem a été nommé successeur du professeur Bielmeier à la chaire de linguistique historique. De 1999 à son entrée en fonction à Berne, il occupait la chaire de linguistique descriptive à l'université de Leiden en Hollande. Depuis 1983, van Driem mène des recherches sur le terrain dans l'Himalaya, où il a résolu l'énigme du bangani et rédigé les grammaires des langues limbu, dumi, bumthang et dzongkha, cette dernière pour le compte du gouvernement du Bhoutan. En plus de ses descriptions linguistiques, il a publié un manuel en deux volumes intitulé Languages of the Himalayas et une histoire complète du thé intitulée The Tale of Tea. Sa collaboration interdisciplinaire avec des généticiens des populations et des archéologues a donné lieu à la monographie Ethnolinguistic Prehistory ainsi qu'à de nombreux écrits sur la préhistoire ethnolinguistique de l'Asie.
De 1999 à 2012, Fernando Zúñiga a mené des recherches de terrain sur le mapudungun (Amérique du Sud) et sur la langue algonquienne pied-noir (Amérique du Nord). En 2012, il a été professeur assistant de linguistique générale à l'Université de Zurich et, en 2013, il a été nommé à la chaire de linguistique générale à Berne, succédant ainsi à Iwar Werlen. Outre les langues amérindiennes et les thèmes morphosyntaxiques et typologiques, les langues celtiques insulaires et le basque ont joué un rôle considérable dans l'enseignement de Zúñiga. Outre ses activités de publication en tant qu'auteur d'articles, de chapitres de livres et de monographies et en tant qu'éditeur d'ouvrages collectifs, il a également été (co)éditeur de 2010 à 2022, notamment de la série de livres Typological Studies in Language chez John Benjamins et membre du comité éditorial de la revue Linguistic Typology chez Mouton de Gruyter, ainsi qu'éditeur de la revue International Journal of American Linguistics (2019-2022). Zúñiga a pris une retraite anticipée en janvier 2024 pour des raisons de santé.
